बता दें कि प्रज्ञा ठाकुर का परिवार मूल रूप से भिंड जिले के लहार का रहने वाला है। प्रज्ञा के पिता चंद्रपाल सिंह राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ से लंबे समय तक जुड़े रहे। पिता के संघ में होने के चलते प्रज्ञा भी आरएसएस से जुड़ गई। प्रज्ञा के पिता का करीब 12 साल पहले निधन हो गया था। उनकी मां कुछ समय से भोपाल में ही उनके साथ रहने लगी थी। प्रज्ञा ठाकुर चार बहनें और एक भाई हैं, जिसमें बहनें उपमा, उत्तमा और प्रतिभा व भाई का नाम पुष्य मित्र हैं।